3.1 用可靠的力优化水分子
这些输入和起始模型为未执行的教学示例。原创配图为示意图,不是计算结果。使用前请验证版本相关语法、授权数据、数值收敛及科学模型。
3.1.1 模型、单位与来源记录
PW 截断能与能量使用 Ry,常见力输出使用 Ry/bohr,压力使用 kbar。几何卡片须明确坐标单位。不同程序具有不同输入语法与时间单位约定。
3.1.2 未执行输入与明确修改片段
按照下方说明确认每个片段的母计算与替换位置;片段不自动构成独立输入。保留空行与文件来源要求。
3.1.2.1 输入块 1
&CONTROL
calculation='relax', prefix='water', pseudo_dir='./pseudo',
outdir='./scratch/water', tprnfor=.true.,
etot_conv_thr=1.0d-6, forc_conv_thr=1.0d-4, nstep=100
/
&SYSTEM
ibrav=1, A=18.0, nat=3, ntyp=2,
ecutwfc=70, ecutrho=560, occupations='fixed'
/
&ELECTRONS
conv_thr=1.0d-10, mixing_beta=0.3
/
&IONS
ion_dynamics='bfgs'
/
ATOMIC_SPECIES
O 15.999 O.PBE.UPF
H 1.008 H.PBE.UPF
ATOMIC_POSITIONS angstrom
O 9.000 9.000 9.000
H 9.780 9.000 9.620
H 8.230 9.000 9.600
K_POINTS gamma
3.1.3 实作研究
3.1.3.1 原理与准备
结构优化依靠力推进,因此总能变化很小时,噪声较大的力仍会造成假极小值。使用一致的 H、O PBE 赝势,在 18 Å 立方盒中建立中性水分子。固定晶胞,因为真空大小是边界条件选择,不是待优化晶格参数。下面的初始几何合理但未经优化。
3.1.3.2 完整原创模板
参见上方输入块 1。
提交前检查最短原子间距。每个离子步都要检查电子收敛与最大未约束力。优化结束后,把最终坐标复制到新的 scf 输入,以更严格电子设置独立验证力。用笛卡尔向量计算两根 O–H 键长及 H–O–H 键角,不要从透视图估计。
3.1.3.3 检查、陷阱与练习
能量阈值用 Ry,力阈值用 Ry/bohr,优化判据与实际最终力都要检查。若 BFGS 反复重置,先排查 SCF 噪声、不合理初始结构和约束,不要只增加步数。气相分子具有平移及转动自由度,小幅整体漂移不等于化学结构畸变。练习:从另一不对称结构出发,比较最终内坐标和能量,再检查有偶极矩分子的盒长依赖。