2.1 孤立边界与盒子收敛
这些输入和起始模型为未执行的教学示例。原创配图为示意图，不是计算结果。使用前请验证版本相关语法、授权数据、数值收敛及科学模型。
2.1.1 模型、单位与来源记录
保持基组、赝势文件与程序版本可追溯。网格控制使用 Ry；常见能量与力输出使用 hartree 和 hartree/bohr。以各输出标题所示单位为准。
2.1.2 实作研究
直觉与条件。 把分子放进大盒子不等于孤立分子。原子邻接关系的周期性与静电边值问题属于模型中的不同部分；极性分子即使相隔很远也可能与周期镜像相互作用。从基础输入 A 出发，需要可用的非周期泊松求解器，以及案例 02 的力检查。本例只研究中性水，带电周期体系涉及补偿背景与能量参考，必须另立方案。
输入与流程。 同时保持 CELL/PERIODIC NONE 和 POISSON/PERIODIC NONE，比较边长 12、16、20 埃的立方盒子。每次令氧位于盒子中心，再加上 A 中不变的氢相对位移。使用埃坐标，不用 SCALED T，否则改盒子时分子也会被拉伸。先生成三份几何并检查边界距离，再用相同基组、截断和 SCF 容差计算能量与力。比较总能量、每个原子受力，以及采用相同原点约定的偶极矩。再将最大盒子中的分子沿 x 平移 0.2 埃重复计算。最后可以另做 XYZ 周期静电系列作为不同模型，但不能混入孤立体系的收敛序列。
输出解读。 可靠的孤立结果应在继续增大盒子后保持目标精度；平移敏感性可暴露网格或边界伪影。周期序列可能缓慢接近孤立极限，因为短程重叠消失不代表长程作用消失。中性分子偶极矩不依赖原点，带电体系则不同。看到分子没有穿过盒子边界，并不能证明盒子已收敛。
注意事项与练习。 求解器可能只允许某些周期性及晶胞组合，应遵守其限制。固定网格分辨率下增大盒子会提高内存和耗时。弥散阴离子还可能受到人工限制，或在所选泛函下不稳定，不能照搬中性水测试。有限溶剂团簇具有真实表面，也不等同于体相溶液。练习要求预先声明能量及最大力偏差的容差，选择同时通过的较小盒子；若未通过，应诚实报告，并解释为何随晶胞缩放全部坐标会污染实验。