跳转至
课程笔记 · 09

9. 自由能、伞形采样与稀有事件

本课位置: 第 9/10 课。先完成前一课的推导;使用下方练习检查理解。

先修知识: 重加权;系综;相关误差

本课目标:理解下面各步的数学依据,能够手算核对例子,并说明结论依赖的条件。

1. 普通能量平均为何不能给出自由能

自由能 \(F=-\beta^{-1}\ln Z\) 依赖分布归一化,而通常的 Metropolis 比值正是把它消掉。因此能量误差小不代表熵误差小。对集体坐标 \(q(R)\) 定义边缘密度 \(p(q)\),平均力势为 \(F(q)=-k_BT\ln p(q)+C\),必须说明测度。径向直方图包含几何雅可比,是否除以 \(r^2\) 会改变所称的自由能曲线。常数 \(C\) 任意,所以普通直方图不直接给绝对自由能。

2. 热力学积分的推导

用 \(U_\lambda\) 连接两个体系,固定测度时 \(Z_\lambda=\int e^{-\beta U_\lambda}dR\)。在积分内求导得

\[ \frac{dF_\lambda}{d\lambda}=-\frac1{\beta Z_\lambda}\frac{dZ_\lambda}{d\lambda} =\left\langle\frac{\partial U_\lambda}{\partial\lambda}\right\rangle_\lambda, $$ $$ F_1-F_0=\int_0^1\left\langle\partial_\lambda U_\lambda\right\rangle_\lambda d\lambda. \]

\(\lambda\) 网格积分误差、各窗口采样误差和未平衡偏差是三种不同问题。如果路径端点改变支持或引入奇异重叠,简单线性插值可能不良,需要软核或分阶段变换。

3. 伞形势帮助访问稀有区域

添加已知偏置 \(W(q)\),分布变为 \(p_b(R)\propto e^{-\beta[U(R)+W(q(R))]}\)。边缘分布满足 \(p_b(q)\propto p(q)e^{-\beta W(q)}\),所以 \(F(q)=-k_BT\ln p_b(q)-W(q)+C_b\)。谐和伞形势 \(W_j=k_j(q-q_j)^2/2\) 把每个窗口限制在不同位置附近。多个窗口的相对常数未知,需要分布重叠及一致的直方图或多状态估计量来拼接。如果遗漏其他慢坐标,即使选定坐标直方图好看,体系也可能仍困在局部状态。

4. 谐和体系的自由能算例

实数轴上 \(U_k(x)=kx^2/2\),有 \(Z_k=\sqrt{2\pi/(\beta k)}\),因此 \(F_{k_1}-F_{k_0}=(k_BT/2)\ln(k_1/k_0)\)。取 \(k_\lambda=k_0+\lambda(k_1-k_0)\),能均分给出 \(\langle\partial_\lambda U\rangle=(k_1-k_0)/(2\beta k_\lambda)\),积分后恢复相同对数。这个解析模型可检查符号、二分之一因子和热力学积分程序,无需宣称执行随机模拟。

自由能微扰还有恒等式 \(F_1-F_0=-k_BT\ln\langle e^{-\beta(U_1-U_0)}\rangle_0\),要求测度与支持相容。把 \(e^{-\beta U_1}=e^{-\beta U_0}e^{-\beta(U_1-U_0)}\) 代入 \(Z_1/Z_0\) 即可推出。指数平均可能由极少构型主导,所以普通平均能误差小并不能证明该估计可靠。正反变换可暴露重叠问题,但一致仍不是绝对证明。路径和窗口的设计必须围绕分布重叠,而不仅是温度或参数间距。

5. 练习与注意事项

练习: 自由能势垒能否直接确定物理跃迁速率?

解答

不能,还需要动力学、迁移率、合适反应坐标和可能的再穿越修正。普通平衡蒙特卡洛扫描数没有物理秒的含义。

练习: 某处偏置 \(W=2k_BT\),去偏置的相对权重是什么?

解答

乘 \(e^{\beta W}=e^2\)。偏置抑制了该区域,恢复时应提高权重。归一化常数还须通过窗口重叠等方法确定。

自由能、伞形采样与稀有事件

原创教学示意图;用于解释本课数学或算法结构,不是模拟或实验测量。

6. 延伸阅读与相邻课程

相关理论:分子动力学 · 量子蒙特卡洛

软件衔接:CP2K · Quantum ESPRESSO

以上软件教程提供势能、轨道或收敛管理的相关背景;不代表这些软件教程已经执行本页的 QMC 或蒙特卡洛算例。

7. 关联理论与实践

分子动力学 · 量子蒙特卡罗 · RASPA3


上一课 · 课程目录 · 下一课