7.4 ONIOM 先理解减法再信任分区
这些输入和起始模型为未执行的教学示例。原创配图为示意图，不是计算结果。使用前请验证版本相关语法、授权数据、数值收敛及科学模型。
7.4.1 模型、单位与来源记录
结构长度使用 Å，电子能使用 hartree，振动波数使用 cm⁻¹。核对各输出字段，区分热修正与标准态项。
7.4.2 未执行输入与明确修改片段
按照下方说明确认每个片段的母计算与替换位置；片段不自动构成独立输入。保留空行与文件来源要求。
7.4.2.1 输入块 1
%chk=g28_methanol_oniom.chk
%mem=2GB
%nprocshared=2
#p ONIOM(HF/3-21G:AM1) SP Geom=Connectivity
Methanol two layer QM QM subtraction teaching model
0 1 0 1 0 1
C 0 0.000000 0.000000 0.000000 L H 2
O 0 1.430000 0.000000 0.000000 H
H 0 1.750000 0.900000 0.000000 H
H 0 -0.363000 1.028000 0.000000 L
H 0 -0.363000 -0.514000 0.890000 L
H 0 -0.363000 -0.514000 -0.890000 L
1 2 1.0 4 1.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.0
3
4
5
6
7.4.3 实作研究
7.4.3.1 直觉与前提
两层 ONIOM 的核心是 E≈E高(模型)+E低(真实体系)−E低(模型)。低级别覆盖整个真实体系，高级别修正所选模型区，减法避免重复计数。甲醇小到不必使用 ONIOM，反而适合与全高级别计算对照并检查账目。本例是 HF/3-21G:AM1 的 QM:QM，不涉及 MM 原子类型，也不声称获得高质量嵌入模型。边界切断 C–O 键，高层 O–H 区用氢链接原子代替碳；这是教学边界，不是醇类研究的一般推荐。
参见上方输入块 1。
7.4.3.2 操作步骤
分别画出六原子的真实甲醇与封端模型，说明链接氢不是坐标表中的新增真实原子。 解读第一个原子的后缀及三组电荷多重度，明确每个子计算的电子数。 先做单点并检查所有子体系与链接键位置，再考虑长优化。 记录三项子能量，依据输出单位重建组合能量。 采用相同真实坐标另做全高级别单点，去掉不再需要的分层等字段。 如需改变边界，必须保持模型化学饱和，比较目标性质或一致定义的能差。
7.4.3.3 解读 核查与局限
链接距离缩放属于模型定义，会影响结果；漂亮的分区图不能证明所有相关电荷重排都在高层。此例封端后的高层模型类似水，其电子结构与完整甲醇不同，这正是需要看见的局限。扩展到 QM:MM 时还必须核查原子类型、电荷、力场参数及嵌入方式。组合公式应使用 Gaussian ONIOM 子计算记录中的能量与单位，不能拿独立半经验输出中的另一种生成热字段直接代入。
练习。 讨论适合局部 O–H 振动的分区为何可能不适合 C–O 断裂，并提出更大模型与边界敏感性实验。