1.1 可复现安装,不止一个可执行文件
这些输入和起始模型为未执行的教学示例。原创配图为示意图,不是计算结果。使用前请验证版本相关语法、授权数据、数值收敛及科学模型。
1.1.1 模型、单位与来源记录
PW 截断能与能量使用 Ry,常见力输出使用 Ry/bohr,压力使用 kbar。几何卡片须明确坐标单位。不同程序具有不同输入语法与时间单位约定。
1.1.2 未执行输入与明确修改片段
按照下方说明确认每个片段的母计算与替换位置;片段不自动构成独立输入。保留空行与文件来源要求。
1.1.2.1 输入块 1
# Run in a new course workspace; use your site's approved launcher.
mkdir -p qe-course/{pseudo,inputs,outputs,scratch,provenance}
command -v pw.x > qe-course/provenance/executable-path.txt
pw.x -h > qe-course/provenance/pw-help.txt 2>&1
command -v ph.x dos.x projwfc.x bands.x pp.x neb.x \
> qe-course/provenance/available-programs.txt
1.1.3 实作研究
1.1.3.1 原理与准备
能够启动程序,只能说明二进制文件能运行,并不证明环境适合你的研究。编译器、数学库、MPI 和 GPU 配置会影响性能及可用功能。本练习将安装检查与科学验证分开。你需要受支持的 Linux 环境或集群账号、来自官方项目的 QE 发布版本,以及使用相应算力的权限;不假设拥有管理员权限。
1.1.3.2 原创操作流程
参见上方输入块 1。
版本号以真正的小计算启动信息为依据,不能只看模块名称。记录 MPI 启动器版本、CPU/GPU 型号、线程数与环境模块。源码构建时按该版本的构建指南操作并保存配置日志;不要把一种 MPI 编译器与另一种运行库混用。先运行与构建相关的官方测试,再用 1.4 作为科学计算检查。排查并行问题前,先确认串行可以运行。
1.1.3.3 结果判读
交付物是环境清单和完整测试日志,而不是一个加速比。核对输出版本是否符合预期,是否发生库或赝势读取错误。“JOB DONE.” 可作为正常终止证据,但还必须检查该计算自身的收敛信息。进程退出码不能证明物理结果正确。
1.1.3.4 检查、陷阱与练习
分别用单进程和少量 MPI 进程运行相同的小 SCF,允许舍入级差异,但能量一致性应优于目标科学精度。不要在登录节点上运行多核任务。某程序不在 PATH 中并不代表功能不受支持,先检查构建配置。练习:写一张五行环境卡,使同学能够区分两个安装环境。